Le bâtiment de la Fondation Saint-Thomas au n°1a et 1b du quai Saint-Thomas a été construit en 1772 sur des plans de l'architecte Samuel Werner. Ce gigantesque bâtiment de style néo-classique a été réalisé en briques et grès, il forme un L avec un pavillon Sud, un corps principal et un grand pavillon Nord, l'ensemble et muni de deux cours intérieurs. Le bâtiment de la Fondation Saint-Thomas abrite l'administration du séminaire protestant ainsi que des deux églises luthériennes de Strasbourg, Saint-Guillaume et Saint-Thomas.